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从1981年发现、1983年开始发掘,牛河梁遗址第一阶段的考古工作持续到2003年才结束,之后着手整理工作、编写报告。就在接下来的2002年,一个迄今为止中国考古领域规模最大、参与学科最多的综合研究工程——“中华文明探源工程”正式启动,旨在全方位、多角度、多层次地研究中华文明的起源与早期发展的过程、背景、原因、特点与机制。, 关于水稻、狗、人体等方面的认识,都得益于科技考古的介入。张居中认为自己是当时很早认识到科技考古重要性的人之一,不过80年代发掘阶段,“脑子里这根弦还没绷紧”。发掘之后的研究中,他找到植物、动物、农业、矿物、古人类、年代学等相关自然科学领域的学者,分头研究那些沾着泥土的出土物,将沉默的古物转化成科学成果。。
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